Будущий пастырь родился 13 сентября 1935 г. в городе Краснодаре. В 1958 г. он окончил историко-филологический факультет Ростовского-на-Дону государственного университета по специальности «филолог, учитель русского языка и литературы». По окончании университета Рафаил трудился на предприятиях Ростовской области, занимался журналистикой. С 1974 г. он работал реставратором памятников архитектуры.
8 сентября 1972 г. будущий пастырь вступил в брак с Людмилой Владимировной Ягановой.
В 1983-1989 гг. он нес клиросное послушание в Вознесенском храме села Речицы Раменского района.
4 декабря 1989 г. епископом Ижевским и Удмуртским Палладием Рафаил был рукоположен во диакона в Троицком соборе города Ижевска, а 24 июня 1990 г. – в сан священника и определен настоятелем Покровского храма села Июльское Воткинского района Удмуртии. 1 октября 1990 г. отец Рафаил был переведен в клир Успенского храма города Ижевска, где прослужил до 28 сентября 1992 г.
В конце 1992 г. отец Рафаил перешел в Московскую епархию и служил сначала в клире Тихвинского храма города Ступино и Троицкого Белопесоцкого женского монастыря, а 1 марта 1995 г. был назначен настоятелем Никольского храма села Еганово, который полностью восстановил из руин. В 2004 г. протоиерей Рафаил Яганов окончил Коломенскую духовную семинарию.
За ревностное пастырское служение отец Рафаил был награжден многими церковными, ведомственными и общественными наградами.
Отец Рафаил состоял членом Союза журналистов России и активно занимался литературным творчеством. Он является автором поэтических сборников, книг и рассказов.
Протоиерей Рафаил Яганов был добрым и искренне любящим пастырем, за что снискал любовь и уважение своих многочисленных духовных чад и духовенства Малинского благочиния.
Да упокоит Господь новопреставленного протоиерея Рафаила в селениях праведных! Вечная ему память!